Sonic és barátai azt hiszik, hogy nyugodt napjuk lesz, de Dr. Tojáshegy hibája miatt Nominatus, a gonosz mesterséges intelligencia, újra életre kel! A Sonic Boom Nominatus felemelkedése című részében Nominatus átveszi az irányítást Dr. Tojáshegy rendszerei felett, és robotok hadát küldi Sonic, Farki, Boxer, Amy és Stick ellen. A csapatnak össze kell fognia, hogy megállítsák a digitális fenyegetést.