Marsupilamit elrabolja az őrült ezredes, MacDonald, aki tanulmányozni akarja a látványos külsejű állatot, hogy a segítségével félelmetes harcigépeket alkothasson. A Marsu katonák éppen olyan erősek, mint a szuperhősök, ők azonban sokkal veszélyesebbek. Marsupilami először boldogan veti alá magát a teszteknek, azonban egy idő után hiányolni kezdi a dzsungelt. Vajon visszatérhet otthonába és megállítja a katonai projektet?